Kako je sredinom XVI vijeka pomorska snaga Perasta jačala, tako su njegovi stanovnici odlučili da se osamostale.
Ovaj pokret je predvodilo 12 bratstava koji su stvorili savez za uzajamnu zaštitu — „svi za jednog, jedan za sve“, a može biti i „dvije vjere u jednoga Boga“ — pa je Perast 1585. godine postao nezavisna opština.
12 bratstava iz kojih se Perast razvio nazvana su KAZADE i poticali su iz 12 peraških kuća. Ovakav način osnivanja opštine i razvoja grada postoji od davnih vremena na slovenskom tlu, ali je Perast jedan od rijetkih koji je ispoštovao ovu tradiciju, a koja je zapisana u gradskom ustavu.
Tada se stanovništvo dijelilo na plemiće i pućane (narod). Plemići su bili predstavljeni u opštini, a pućani u zajednici.
Svaki plemić je na zboru imao svog predstavnika, a pućani su od 1685. do 1719. imali pravo učešća i glasa u radu opšteg zbora koji se bavio vođenjem grada. Opšti zbor je birao gradskog kapetana, sudije, kaštelana — zapovjednika kule Sveti Križ koja se nalazi iznad Perasta — i vojvodu. Nakon 1719. godine, pućani su imali pravo da učestvuju samo u izboru kapetana.
Interese opštine u Veneciji su zastupali nunciji, a u istočnom Sredozemlju za trgovački napredak Perasta su brinuli konzuli.
Tokom XVII vijeka Peraštani su bili zaokupljeni velikim borbama protiv Turaka i gusara iz Ulcinja i sjeverne Afrike. Peraštani su u ovom vijeku doživjeli najteži poraz od Turaka, ali i najveću pobjedu nad Turcima.
1624. godine turska flota je opljačkala grad i u roblje odvela više od 400 Peraštana. Najslavniji peraški boj se odigrao 15. maja 1654. godine, u blizini Perasta. Pod vodstvom Mehmed-age Rizvanagića, 5000 Turaka je iz pravca Risna napalo peraške odbrambene kule. U borbi sa znatno moćnijim neprijateljem, Peraštani su se odbranili. Kažu da je tada Perast branilo samo oko 100 vojnika, a Mehmed-aga Rizvanagić je tada poginuo.
Na ovaj boj podsjeća kameni natpis uklesan u pročelje župne crkve, a naručilac natpisa je bio barski nadbiskup Andrija Zmajević. Te godine je hrvatski ban Petar Zrinski posjetio Perast i Peraštanima poklonio dragocjenu sablju u čast te pobjede.
U spomen na ovu veličanstvenu pobjedu, svake godine se u Perastu održavala zavjetna svečanost koja bi započinjala donošenjem Gospine slike u grad sa ostrva, posljednje nedjelje aprila. Lađu na kojoj se nalazila ikona pratile bi u polukrugu barke, sa kojih se pucalo iz vatrenog oružja. Tako su se Peraštani podsjećali na vremena kada su pomorci štitili procesije vjernika od turskih i gusarskih napada. U svečanosti su učestvovali i članovi Bokeljske mornarice.
15. maja slika bi bila nošena u procesiji ulicama grada, a na Petrovdan, na isti način, uz pratnju Bokeljske mornarice i Peraštana, slika bi se vraćala u crkvu na ostrvo.
Osim ove svečanosti, u spomen na istu pobjedu, u Perastu se održavao običaj gađanja kokota. Pobjednik u gađanju kokota je morao platiti 65 litara vina, kojim je častio mornare i svečanu povorku koja ga je pratila ulicama. Ovi običaji u Perastu postoje i danas.
Kraj slavnog XVII vijeka je obilježilo učešće Peraštana u Morejskom ratu. Oslobođen je Herceg Novi i skoro cijelo područje Boke. U Morejskom ratu se posebno istakao konte Vicko Bujović.
Na svom vrhuncu, polovinom XVIII vijeka, peraška flota se sastojala od oko 100 većih brodova. U to doba Perast je bio glavni pomorski grad u Boki Kotorskoj, proslavljen na svim morima. Peraški brodovi su plovili cijelim Sredozemljem, ulazili su u vode Atlantskog okeana, sve do Engleske i Holandije.
Svojim trgovačkim poduhvatima peraške kapetanske porodice su sticale velika novčana sredstva, koja su ulagali u izgradnju raskošnih palata, crkava i drugih građevina. Tim gradnjama Perast je postao najljepši biser Boke. A hrabrošću njegovih pomoraca postao je i ostao veliki.