Osim što je magično lijepo spolja, svetište Gospa od Škrpjela krasi velika harizma bogate istorije koja se najbolje doživi baš na ostrvu. Tako malo, a u isto vrijeme tako veliko mjesto.
Čuvar je tajni bokeških žena, mjesto na kojem se mnogi mladenci zavjetuju na vječnu ljubav, mjesto molitve u teškim vremenima, mjesto velike snage za Peraštane, ali i za sve koji to nisu, mjesto nade za bokeške mornare, mjesto koje pokazuje da i samo mrvica vjere može pomjeriti planine.
„Ah, tješi nas, moćna Gospo od Škrpjela, sa hridi što si htjela da sveti hram ti sja. Zdravo, Kraljice Bokeškog mora, rujna si zora, naše vjere štit.“
— Iz himne Gospi od Škrpjela
Unutrašnjost crkve Gospa od Škrpjela priča jednu veliku životnu štoriju, sačinjenu od hiljade malih pričica o sudbinama bokeškog naroda.
Od prastarih vremena, majke su se molile Gospi od Škrpjela da im se sinovi živi i zdravi vrate kući iz rata. Supruge i djevojke su čekale svoje mornare, i svu svoju ljubav slale daleko na svjetska mora, slale vjerom koja je potekla sa ovog malog ostrva. U znak zahvalnosti poklanjale su Gospi ono što im je pomoglo u teškim trenucima — ono što je obilježilo njihovu ljubav, njihovu molitvu i čekanje.
Čuda se dešavaju onome ko u čuda vjeruje. Mornari i kapetani koji su zaslužni za sjajnu i burnu perašku prošlost su, kao znak velike zahvalnosti za svoj život, poklanjali razna „čuda“ svetištu Gospa od Škrpjela. To ljudi rade i dan-danas.
Zato je Gospa bogata poklonima iz svih krajeva svijeta, a svaki od njih priča svoju priču. Svaki poklon je na svoj način poseban i vrijedan. Na Gospi se nalazi dio aviona aviokompanije „JAT“, kao poklon ostrvu od strane stjuardese Vesne Vulović, koja je 26. januara 1972. godine jedina preživjela pad JAT-ovog aviona u tadašnjoj Čehoslovačkoj.
Okačeni po zidovima na ostrvu se mogu vidjeti djelovi automobila i motora, razni predmeti koje su donijeli zahvalni ljudi koji su preživjeli neku nesreću, a čuli su za vjeru i čuda sa malog ostrva u Boki Kotorskoj. Na ostrvu se nalazi i jedna kaciga donijeta čak iz Italije — pretpostavlja se da je neko, nakon što je preživio nesreću vozeći motor, čuo za ostrvo Gospa od Škrpjela i odlučio da je čak odande donese i ostavi.
Ovdje se nalazi i slika Voja Stanića, koja je poklon jedne porodice iz Trsta, nakon velikog čuda kada im je teško bolestan sin ozdravio.
Nadbiskup Andrija Zmajević je svoj nadbiskupski prsten zavjetovao na Gospi — prsten, jedan od brojnog srebrnog i zlatnog nakita, se čuva na ostrvu. Jacinta Kunić je svoj zavjet vezla 25 godina, a 1828. poklonila Gospi, kao simbol jedne neprolazne ljubavi.
1918. godine, Austrija je, gubitkom u Prvom svjetskom ratu, ponijela iz Perasta čak 28 crkvenih zvona, koja su skoro sva pretopljena u đulad. Jedan oficir je uzeo zvono sa ostrva Gospa od Škrpjela i ponio sa sobom u Grac. Međutim, odlučio je da ga zadrži kao uspomenu na rat, a ne da ga uništi, kakav je bio slučaj sa ostalih 27 zvona. 2009. godine, unuk tog oficira je isto to zvono vratio u Perast, gdje i pripada, nakon više od 100 godina. Lijep gest koji će Perast pamtiti zauvijek.
Mornari su svoje zavjete predstavili na srebrnim zavjetnim pločicama, kojih u crkvi ima preko 2000. Svaka zavjetna pločica priča svoju sudbinu, hiljade zavjeta vjekovima „žive“ na ostrvu.
U ono vrijeme, odlazeći na dugačke vijadže, koji su uglavnom bili i opasni, mornari su se zavjetovali Gospi od Škrpjela da će joj se na neki način zahvaliti, ukoliko se živi vrate u domovinu. Zavjet je u početku bio takav da su pomorci davali novac kako bi se ostrvo izgradilo — a tako je i bilo, jer je zavjetna crkva i sagrađena na ostrvu, zahvaljujući doprinosima pomoraca ne samo iz Perasta nego iz cijele Boke. Nakon što je crkva izgrađena, istim tim zavjetima, isti ti mornari su je i značajno obogatili, donoseći kao znak zahvalnosti kineske vaze, zlato, srebro i porcelan.
Zavjetne pločice su sve rađene u srebru, jer je tada srebro bilo veoma dragocjeno, čak dragocjenije od zlata. Na ovim pločicama najčešći motivi su brodovi — u borbama, u nevremenu, razne nezgode na moru, kao i djelovi tijela koji su bili bolesni. Na zidu u crkvi se nalazi hiljade malih srebrnih zavjetnih pločica, među njima 95 pločica sa urezanim natpisom — ime broda, ime i prezime kapetana, godina i mjesto gdje se dogodila nesreća. Na pozadini skoro svake je urezan skraćeni natpis na latinskom jeziku — VFGA, što znači: „Zavjet sam učinio, milost sam dobio.“
Najveća i najstarija zavjetna srebrna ploča je poklon Peraštana ostrvu Gospa od Škrpjela, urađena u znak sjećanja na 15. maj 1654. godine, kada je samo 80 Peraštana pobijedilo veliku osmansku vojsku od oko 5000 vojnika i odbranilo svoj grad. Svoju pobjedu su zahvalili Gospi od Škrpjela. Od tog dana zavjetne pločice nisu prestajale da se donose na ostrvo.
Osim zavjetnih pločica, ovdje se nalaze i zavjetni predmeti — umjetničke slike, 220 krstova, zlatne i srebrne krune, kao i 65 slika brodova, rađenih tehnikom akvarela na papiru, ulja na platnu... Umjesto zlata, srebra i novca, ljudi su donosili prava umjetnička djela, domaćih i stranih slikara.
Ovdje se nalaze i razni upotrebni predmeti — stare pegle, kišobrani, ključevi, satovi, gramofoni... Danas, u škrinji staroj 550 godina, koja je i najstariji komad namještaja u Boki, posjetioci ostavljaju novac, svih mogućih valuta. Ova škrinja je i škrinja želja, pa ubacujući novčiće u nju, posjetioci daju svoj mali zavjet ovom mjestu, sa vjerom i nadom u ostvarenje svoje želje.
Čak su i orgulje na ostrvu, koje su stare 325 godina, još uvijek u upotrebi u posebnim prilikama — zavjet. Na ostrvu se održavaju i vjenčanja, a stari običaj je da mlada na oltaru ostavi svoj bidermajer, vjerujući da će imati srećan i berećetan brak. Na desetine bidermajera visi na zidu pored oltara — neki tu odskora, a neki godinama unazad, jednako lijepi kao i prvog dana.
„Lutah usamljen sve do juče. Željan da poletim, ustrašen od leta. A onda, neko kao što si ti, sretne nekoga kao što sam ja, i ništa više ne bi isto.“
— Leslie Bricusse